設定

本作設定發生在前作尼爾的D結局「尼爾事件」的數千年之後，在西元5012年，人類遭到了外星人派出的機械生物部隊侵略。人類在實力懸殊之下，被逼移至月球上，並建造人造人部隊對佔據地球的機械生物發動代理戰爭，本作劇情發生在西元11945年的第十四次機械戰爭。本作故事以人類建造的最新人造人部隊「寄葉」為出發點，講述「寄葉部隊」中的一員寄葉二號B型（2B）、寄葉九號S型（9S）和舊式A型二號（A2）的故事。各人造人被設定為沒有名字、不能擁有感情，但不同人造人個體有不同的個性，但他們的個性幾乎都會被上級下達的「禁止擁有感情」而壓抑，導致很少有人造人公然表現出自己的感情。「寄葉部隊」的任務是依照人類的命令偵查並奪回地球，而「寄葉部隊」的指揮總部為「地堡」（Bunker），其位置在地球的太空衛星軌道上，用於發送指令給「寄葉」成員，並投送武器等。而地球上有支援「寄葉部隊」的組織，其名為「抵抗軍」（Resistance），他們早於「寄葉部隊」成立並在地球上組建了一個反抗組織，會支援寄葉部隊隊員並提供物資。 主角「寄葉」二號B型，簡稱2B，是「寄葉部隊」的一員，其個性是深重冷靜的判斷事情。另有兩名人造人可於遊戲中操作，包括「寄葉」九號S型（簡稱「9S」）和「寄葉」A型二號（簡稱「A2」）；9S屬偵察人造人，其個性是情感豐富；而A2屬原型人造人，其個性為沉默，經常單獨行動。其他角色包括「地堡」主管司令官（Commander）；神秘的雙胞胎亞當與夏娃；不喜歡戰爭的和平機械生物帕斯卡；反抗組織「抵抗軍」的成員之一的迪瓦菈與波波菈，負責幫助受「尼爾事件」影響的人；負責向地面部隊發送資訊與命令的「通訊官」，通訊官6O負責2B的資訊，通訊官21O負責9S的資訊；反抗組織「抵抗軍」的領導人安妮莫寧（Anemone）；與「地堡」通訊與輔助各「寄葉」成員的「輔助機」；以及前作《尼爾》的主角艾米爾（Emil）。而《誓血龍騎士 3》及《尼爾》中的登場角色本作亦有提及。